แคลไซต์มีอยู่ทั่วไปในธรรมชาติ
ในทะเลหรือทะเลสาบน้ำตื้น มักสะสมตัวเป็นชั้นหินปูนที่กว้างขวาง
น้ำใต้ดินสามารถละลายหินปูนและปฏิรูปแคลไซต์ได้ เช่น ในหินย้อย หินงอก และทราเวอร์ทีน น้ำใต้ดินที่ทำงานอยู่ในดินใกล้กับแหล่งน้ำมักจะก่อตัวเป็นก้อนแคลไซต์ที่กระจายไปตามระนาบแนวนอน นักธรณีวิทยามักเรียกสิ่งเหล่านี้ว่าก้อนเนื้อปูน
กิจกรรมไฮโดรเทอร์มอลมักก่อให้เกิดเส้นเลือดแคลไซต์ ซึ่งบางชนิดมีแร่ธาตุและบางชนิดไม่มีเลย ผลึกที่มีรูปทรงดี-มักพบใน geodes
ในคาร์บอเนตที่เกิดจากฤทธิ์ของแม็กมาติก โดยทั่วไปแคลไซต์จะมีสัดส่วนประมาณ 80%
นอกจากนี้ แคลไซต์ยังทำหน้าที่เป็นซีเมนต์ในหินตะกอนที่เป็นกระจุกและเป็นแร่ธาตุที่ได้มาจากการเปลี่ยนแปลงของหินอัคนีพื้นฐานที่ทำให้เกิดหินต่างๆ เนื่องจากกิจกรรมของน้ำใต้ดิน หลอดเลือดดำแคลไซต์จึงมักไปอุดรอยแยกของหินต่างๆ
หินปูนที่เกิดจากการตกตะกอนมักจะผ่านการเปลี่ยนแปลงในระดับภูมิภาคหรือการสัมผัส โดยในระหว่างนั้นแคลไซต์ที่อยู่ภายในจะตกผลึกใหม่จนกลายเป็นการรวมตัวของแคลไซต์ที่หยาบขึ้น-




